โรงพยาบาลฯ เป็นโรงพยาบาลภายใต้การดำเนินงานของมูลนิธิแห่งสภาคริสตจักรในประเทศไทย ซึ่งเป็นมูลนิธิที่ไม่ได้รับการประกาศกำหนดให้เป็นองค์การหรือสถานสาธารณกุศล ปัจจุบันโรงพยาบาลฯ มีผลขาดทุนจากการดำเนินงาน และมีลูกหนี้สาธารณกุศลที่ต้องจำหน่ายหนี้สูญเป็นจำนวนมาก เมื่อเปรียบเทียบกับโรงพยาบาลอื่นที่ดำเนินกิจการในรูปบริษัทจำกัด จะไม่ต้องเสียภาษีถ้ามีผลขาดทุน และสามารถนำผลขาดทุนยกไปถือเป็นรายจ่ายได้ไม่เกินห้าปีก่อนรอบระยะเวลาบัญชีปีปัจจุบันและยังมีสิทธิจำหน่ายหนี้สูญได้อีก

   โรงพยาบาลฯ จึงขอยกเว้นภาษีเงินได้ ดังนี้

       1. ขอยกเว้นภาษีเงินได้ในส่วนเงินอุดหนุนหรือเงินช่วยเหลือ หรือเงินที่จะได้รับ ทั้งสิ้นภายใต้โครงการหลักประกันสุขภาพถ้วนหน้า

       2. ขอยกเว้นภาษีเงินได้สำหรับเงินได้ที่ได้รับจากการรักษาพยาบาล หรือในกรณีไม่สามารถอนุญาตได้ ขอให้โรงพยาบาลฯ สามารถนำหนี้สูญ หรือรายจ่ายเพื่อการกุศล เช่น ส่วนลดที่ให้แก่ผู้ป่วยหรือสวัสดิการต่าง ๆ ที่โรงพยาบาลให้แก่บุคคลต่าง ๆ มาหักเป็นรายจ่ายเพื่อคำนวณภาษีเงินได้

     1. โรงพยาบาลฯ ประกอบกิจการในนามของมูลนิธิแห่งสภาคริสตจักรในประเทศไทย ซึ่งเป็นมูลนิธิที่ไม่ได้รับการประกาศกำหนดให้เป็นองค์การหรือสถานสาธารณกุศล ตามมาตรา 47(7)(ข) แห่งประมวลรัษฎากร มูลนิธิฯ จึงเข้าลักษณะ "เป็นบริษัทหรือห้างหุ้นส่วนนิติบุคคล" ตามมาตรา 39 แห่งประมวลรัษฎากร ดังนั้น เงินอุดหนุน เงินช่วยเหลือที่โรงพยาบาลฯ ได้รับ หรือเงิน ที่ได้รับตามโครงการหลักประกันสุขภาพถ้วนหน้า ตาม 1. และเงินได้ที่ได้รับจากการรักษาพยาบาลตาม 2. หากเงินได้ตาม 1. มิใช่เงินได้ที่ได้รับจากการรับบริจาคหรือจากการให้โดยเสน่หา โรงพยาบาลฯ ต้องนำเงินได้ตาม 1. และ 2. มารวมคำนวณเพื่อเสียภาษีเงินได้นิติบุคคล

     2. โรงพยาบาลฯ ต้องเสียภาษีเงินได้นิติบุคคลจากฐานรายได้ก่อนหักรายจ่ายใด ๆ ตามบัญชีอัตราภาษีเงินได้ ท้ายหมวด 3 แห่งประมวลรัษฎากร มิใช่เสียภาษีจากกำไรสุทธิ ซึ่งคำนวณได้จากรายได้จากกิจการหรือเนื่องจากกิจการที่กระทำในรอบระยะเวลาบัญชี หักด้วยรายจ่ายตามเงื่อนไขที่ระบุไว้ในมาตรา 65 ทวิ และมาตรา 65 ตรี แห่งประมวลรัษฎากรกรมสรรพากรจึงไม่มีอำนาจยกเว้นภาษีหรือกำหนดให้มูลนิธิฯ คำนวณภาษีจากรายได้จากกิจการหักด้วยรายจ่ายตามที่ร้องขอได้