มีข้อเท็จจริงสรุปได้ ดังนี้
1. หน่วยงาน อ. ได้ทำสัญญาเช่าที่ดินราชพัสดุ (สัญญาเช่าฯ) ให้บริษัท ข จำกัด (บริษัทฯ) เช่าเป็นระยะเวลา 40 ปี อัตราค่าเช่าจำนวน 500,000 บาท ต่อไร่ต่อปี ซึ่งจะปรับขึ้นในอัตรา ร้อยละ 5 ทุก ๆ 3 ปี และเอกสารแนบท้าย ข ของสัญญาเช่าฯ ระบุว่า “เมื่อมีการลงนามในตราสารสัญญาเช่าและส่งมอบพื้นที่เช่าให้กับผู้เช่าแล้ว ผู้เช่าจะต้องชำระ .... (4) ค่าธรรมเนียมการจัดหาประโยชน์เป็นเงินจำนวน 50,000,000 บาท (ห้าสิบล้านบาท)”

2. หน่วยงาน อ. เรียกเก็บค่าธรรมเนียมจัดประโยชน์ตามสัญญาเช่าฯ โดยอาศัยอำนาจตาม มาตรา 53 แห่งพระราชบัญญัติเขตพัฒนาพิเศษภาคตะวันออก พ.ศ. 2561 (พระราชบัญญัติฯ) ประกอบกับข้อ 8 ของระเบียบคณะกรรมการนโยบายเขตพัฒนาพิเศษภาคตะวันออก ว่าด้วยหลักเกณฑ์ วิธีการ เงื่อนไข การเช่าที่ดินราชพัสดุที่ประกาศเป็นเขตส่งเสริมเศรษฐกิจพิเศษ พ.ศ. 2562 ลงวันที่ 16 พฤษภาคม พ.ศ. 2562 (ระเบียบฯ)

3. ตามข้อ 8 ของระเบียบฯ ค่าธรรมเนียมจัดประโยชน์เป็นส่วนหนึ่งของ “ค่าเช่า” ซึ่งต้องคำนวณโดยอ้างอิงจากอัตราผลตอบแทนของมูลค่าทรัพย์สิน (Return on Assets : ROA) เนื่องจากการคิดค่าเช่าทั้งหมดรวมกับค่าธรรมเนียมจัดประโยชน์แล้ว หน่วยงาน อ. มีเป้าหมาย ROA อยู่ที่อัตราร้อยละ 4 ของมูลค่าทรัพย์สิน โดย หน่วยงาน อ. ได้เรียกเก็บค่าธรรมเนียมจัดประโยชน์จากผู้เช่าในอัตราร้อยละ 1 ของมูลค่าทรัพย์สินจากค่าเช่าทุกงวด ซึ่งตามสัญญาเช่ากำหนดให้จ่ายครั้งเดียวภายหลังคู่สัญญาลงนามในสัญญาเช่าพร้อมค่าเช่าปีแรกส่วนค่าเช่างวดอื่น ๆ จะเรียกเก็บเป็นรายงวด (รายเดือนหรือรายปี) จนครบกำหนดระยะเวลาการเช่า ผู้เช่าจึงไม่ได้จ่ายค่าธรรมเนียมจัดประโยชน์ดังกล่าวเพื่อแลกกับสิทธิในการทำสัญญาเช่าแต่อย่างใด

4. เมื่อ หน่วยงาน อ. ได้รับชำระค่าธรรมเนียมจัดประโยชน์ดังกล่าวแล้ว หน่วยงาน อ. ก็ไม่มีภาระผูกพันใดหรือต้องทำประโยชน์อื่นใดให้แก่ผู้เช่านอกเหนือจากการให้เช่าที่ดินตามปกติ นอกจากนี้ ค่าธรรมเนียมจัดประโยชน์ที่เรียกเก็บมิได้เรียกเก็บเพื่อแลกเปลี่ยนกับสินค้าหรือบริการใด ๆ และมิได้เป็นเงื่อนไขว่าผู้จะเช่าต้องจ่ายค่าธรรมเนียมดังกล่าวก่อนจึงจะได้สิทธิในการเช่า
        

5. หน่วยงาน อ. จึงหารือว่า ค่าธรรมเนียมจัดประโยชน์ที่เรียกเก็บจากการให้เช่าอสังหาริมทรัพย์ โดยอาศัยอำนาจตามมาตรา 53 แห่งพระราชบัญญัติฯ ประกอบกับข้อ 8 (2) ของระเบียบฯ ไม่ถือเป็นค่าบริการที่อยู่ในบังคับต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มตามมาตรา 77/1 (10) ประกอบมาตรา 77/2 (1) แห่งประมวลรัษฎากร หรือเป็นรายรับจากกิจการให้เช่าอสังหาริมทรัพย์ที่ได้รับยกเว้นภาษีมูลค่าเพิ่ม ตามมาตรา 81 (1) (ต) แห่งประมวลรัษฎากร

กรณี หน่วยงาน อ. ทำสัญญาเช่าฯ กับบริษัทฯ เป็นระยะเวลา 40 ปี โดยมีการกำหนดค่าเช่า และค่าตอบแทนการให้เช่าที่ดินแยกออกเป็น 2 ส่วน ได้แก่ ส่วนของค่าเช่าที่ดินรายเดือนและ ส่วนของค่าธรรมเนียมจัดประโยชน์ โดยค่าธรรมเนียมจัดประโยชน์ที่ สกพอ. เรียกเก็บจากผู้เช่าจำนวน 50,000,000 บาท กำหนดให้จ่ายครั้งเดียวในวันทำสัญญาเช่าฯ พร้อมค่าเช่าปีแรก และ หน่วยงาน อ. ไม่มีภาระผูกพันใดหรือหน้าที่ต้องทำประโยชน์อื่นใดเป็นการตอบแทนให้แก่ผู้เช่านอกเหนือจากการให้เช่าที่ดินตามปกติซึ่งการคำนวณค่าตอบแทนทั้ง 2 ส่วนนั้น เป็นไปตามมาตรา 53 แห่งพระราชบัญญัติฯ ประกอบกับข้อ 8 ของระเบียบฯ ดังนั้น ค่าธรรมเนียมจัดประโยชน์ดังกล่าว เข้าลักษณะเป็นค่าตอบแทนจากการให้เช่าอสังหาริมทรัพย์ที่ หน่วยงาน อ. ได้รับตามสัญญาเช่าฯ จึงได้รับยกเว้นภาษีมูลค่าเพิ่ม ตามมาตรา 81 (1) (ต)แห่งประมวลรัษฎากร